Más conocido como "maestro La Puente" o "Lapuente", nació en una familia de cierto prestigio y acomodo, pues sus antepasados fueron alcaldes y regidores del lugar. 
Adoptó el apellido de la Puente de su abuelo. Era seise o niño corista en la catedral de Toledo, donde compuso sus primeras piezas bajo la tutela de Pedro de Ardanaz, Juan de Bonet y Paredes y Miguel de Ambiela. Posiblemente por influencia de éste último- que había sido requerido para hacerse cargo del Magisterio de Capilla de Jaén- opositó junto con dos compañeros seises, consiguiendo con tan sólo diecinueve años el puesto de Maestro de Capilla de la Catedral de Jaén. Por esta circunstancia sólo se le otorgó por "vía de salario", asignándole 250 ducados, hasta que cumpliera la edad pertinente y se le pudiera poner en posesión de la ración correspondiente.

Partitura original de Juan Manuel de la Puente

El 8 de Octubre de 1711 se posesionaba del cargo, señalándole provisionalmente "la silla última del coro derecho de los canónigos extravagantes". Para la Navidad de aquel año compuso sus primeros villancicos, que causaron admiración y fueron presagio de cual iba a ser su magna obra. En 1714, atendiendo a "lo bien que cumplía y los mucho que trabajaba en su adelantamiento" se le aumentó el salario para que pudiera ordenarse "in sacris". Y el 15 de Septiembre de 1716 se le confirió, por fin, la ración de Maestro de Capilla, convirtiéndose en canónigo y tomando posesión formal de su silla en el coro.

Durante su larga permanencia en Jaén, vivió siempre en la calle de los Pilarillos, próxima a la Catedral, en compañía de su hermano Juan Francisco. Debió ser poco amigo de viajes, pues no consta que saliese de Jaén en ninguna ocasión, e incluso no solía acompañar a la Capilla de Música en sus desplazamientos. Sólo en 1752 consta un viaje a los Baños de Ardales, en la provincia de Málaga, donde buscó infructuosamente la salud. La suya fue pues una vida entregada a su vocación, muy retraída, lo que le originó algunos roces con el Cabildo animándole incluso a aspirar al magisterio de Capilla de la Catedral de Málaga en 1732. A partir de 1750 debió padecer alguna enfermedad crónica que le limitó en sus actividades, aunque consta que ejerció como copatrono del Colegio del Santísimo Sacramento. Muy enfermo ya, el 13 de Noviembre de 1753 otorgaba testamento, parcialmente modificado un mes después.

Su música sacra existente (en su mayoría en la Catedral de Jaén, con gran parte de ella fechada entre 1709 y 1735) abarca varios géneros vernáculos en los que el nuevo estilo italiano se introdujo a principios del siglo XVIII. También escribió cantatas seculares, que eran comunes en la época, pero que rara vez se conservan en una gran colección. Esto sugeriría que él pudo haber estado involucrado en representaciones teatrales en Jaén. El villancico "Ah de la Prisión confusa" (1711) es un ejemplo notable de un temprano recitativo español acompañado por dos violines. Pocas piezas en latín han sobrevivido, aunque un inventario de 1760 lista 48. Una copia de su "Stabat mater" del siglo XIX confirma que su música continuó siendo interpretada bastante después de su muerte.

Edición discográfica de obras de Juan Manuel de la Puente

Gran parte de la producción de de la Puente se conserva en libros encuadernados, lo que es relativamente inusual. En 1760 Francisco de Viedma, fiel copista de su obra, maestro de capilla en la Iglesia Parroquial de Alcaudete, Jaén, y propietario de estos nueve libros, los presentó al capítulo de la catedral de Jaén. Sólo tres de los volúmenes originales han sobrevivido; se conservan sólo los tomos IV, VII y IX que reúnen casi tres centenares de composiciones entre cantatas, villancicos, tonadas, un oratorio, una gran misa, un miserere a dieciocho voces, el Salmo "Beatus vir", un "Stabat mater" y una curiosa obra profana "El oráculo de Chipre" junto a lo que el autor denomina "música humana". Sus obras de 10 a 18 voces fusionan con maestría géneros y técnicas musicales típicas del Barroco hispano, como policoralismo, forma tradicional de estribillo-coplas, recursos retóricos, con características modernas de ascendencia italiana sin olvidar elementos estilísticos propios como el virtuoso tratamiento del bajón.

Todas estas partituras presentan muchas dificultades de lectura (notas muy pequeñas, tintas desvaídas, notación ya en desuso, falta de barras de compás, etc.). En su obra conocida se aprecia claramente la estética musical del Barroco en aspectos tales como el bajo continuo, estilo concertante, policoralismo, predominio de estilos homofónicos frente al contrapunto clásico. Igualmente se advierten influencias de la operística italiana, sobre todo en arias y recitados y algunas influencias populares típicamente españolas, como la seguidilla. A la Inmaculada dedica tres tonadas, dieciocho villancicos y quince cantatas. Las más sencillas de las tonadas están compuestas para una voz, para tenor y soprano con acompañamiento de bajo, en compás de 6/8 y llenas de gracia y ritmo, con texto de gran contenido bíblico.

Sus villancicos son muy variados. Sustituían a los responsorios latinos en el Oficio de Maitines. Los que dedica a la Inmaculada son dieciocho y están compuestos para dos, cuatro, ocho y diez voces. Los más sencillos son a dúo y sus letras son poemas líricos que invitan a la Naturaleza a cantar el misterio de la Concepción Inmaculada. Los villancicos a cuatro voces son obras de su juventud, con violines y acompañamiento sobre un tema que van repitiendo las voces. Hay siete villancicos a dos coros para ocho voces, con acompañamiento de violines y bajo. Suelen comenzar con introducción de un coro y una parte central donde dialogan los dos coros, terminando con coplas a cuatro voces para volver al estribillo. Son piezas que exigen gran virtuosismo a los músicos de cuerda.

Los grandes villancicos, llamados "de Kalenda", a tres coros y diez voces, se cantaban en la víspera de las grandes solemnidades. Eran obras complicadas, que exigían mucha preparación y cuya interpretación duraba unos treinta minutos, con pasajes brillantes, de complicados contratiempos y arpegios dialogados entre violines y bajón. De ellos dedicó cuatro a la Inmaculada. Al mismo tema dedicó hasta catorce cantatas (seis para solistas y ocho para coros). Suelen comenzar con una introducción instrumental o con un aria que establece un diálogo entre los instrumentos y el solista; hay una segunda parte solista y al final otra aria.

Las cantatas son obras de gran efecto, de ritmos vivos y alegres, auténtica música descriptiva que luego finaliza de forma reposada y solemne dando gracias a Dios por la forma en que obró con María. Al Santísimo Sacramento tiene dedicadas hasta noventa y seis composiciones para tres, cuatro, cinco, seis, ocho y diez voces, con acompañamiento de violines, bajón y oboe y todos con bajo. Destacan entre ellas un “Oratorio” a ocho voces con violines y acompañamiento, fechado en 1729, de larga duración y variados efectos, giros, modulaciones y ritmos muy vivos que exigen gran entrega a los intérpretes de cuerda. Las letras son sencillas, llenas de belleza y muy asequibles al pueblo cristiano al que tratan de despertar los mejores sentimientos hacia el Misterio Eucarístico.

Olvidado durante muchos años, Juan Manuel de la Puente fue redescubierto en Octubre de 1940 por el Padre Nemesio Otaño, Director del Real Conservatorio de Música y Declamación, de Madrid, quien se interesó por la obra de aquel que le habían llegado confusas noticias y consiguió que fuera elevado a la altura que se merece en la historia de la música española.